中国航空港建设总公司是在空军工程兵部队基础上组建的，经国家对外贸易经济合作部批准、国家工商行政管理局登记注册，建设部核准的国家一级企业。公司行政部门有办公室、政治部、计划预算处、工程管理处、安全生产处、劳动人事处、财务审计处、行政后勤处。
京内机构分为第一至第十二工程公司、总承包工程公司、京外企业管理部、钢结构工程公司、海外工程公司、机场工程公司、路桥工程公司、装饰装修工程公司（北方工程处）、房地产开发公司、勘察设计研究院、工程监理公司、进出口贸易公司、物业管理公司、试验室、医院。
京外机构有上海分公司、上海航建经济发展中心、重庆分公司、东北建设局、南京分公司、厦门分公司、福州分公司、衡阳分公司、华中分公司、武汉分公司、机械化工程分公司、广州分公司、广州工程局、南海分公司、成都分公司、昆明分公司、西安分公司。
